En un mundo postapocalíptico, el último asentamiento humano que queda en Japón es la ciudad fuertemente fortificada de Tokio-3. Shinji Ikari, de catorce años, es llevado a la sede de NERV, una organización clandestina dirigida por su padre separado, Gendou. Solicita que Shinji se convierta en piloto de un "Evangelion", un androide colosal construido para luchar contra criaturas alienígenas monstruosas y destructivas conocidas como "Ángeles" que causan estragos en el planeta y amenazan la supervivencia de la raza humana restante. Aunque inicialmente reacio, Shinji se deja llevar por la idea de reconciliarse con su padre y acepta ayudar en el peligroso esfuerzo de la humanidad contra su amenaza alienígena, como piloto de Evangelion Unit-01. Empujado en medio de un peligroso campo de batalla, Shinji debe encontrar el valor y la resolución necesarios para enfrentarse a las incursiones de los Ángeles antes de que sea demasiado tarde.